细胞疗法的禁忌症非常少：

1. 加重血管炎：毛细血管炎，静脉炎，动脉炎。在病情控制后三个月可进行干细胞疗法。
2. 肺动脉高压
3. 急性或亚急性期的肺源性心脏病(肺心病)的大叶性肺炎
4. 急性眼球积血: 可在3个月后进行干细胞疗法
5. 骨髓癌症，骨髓纤维化，疾病的终末期 (严重中毒，晚期代谢紊乱，多内脏器官严重衰竭)
6. 慢性感染 (需要初步治疗稳定后才能进行治疗)